В обзоре отмечается, в частности, следующее - неприменение налогоплательщиками освобождения от уплаты НДС не влечет безусловного отказа в применении ими вычетов по указанному налогу в случаях, когда хозяйствующие субъекты добровольно вступили в правоотношения по уплате НДС и сформировали цену договора с учетом данного налога.

Впервые данная позиция нашла отражение в Определениях Конституционного Суда РФ в 2008 - 2009 годах, затем была закреплена в Постановлении Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 N 33, и впоследствии получила развитие в Постановлении Конституционного Суда РФ от 03.06.2014 N 17-П.

Из анализа судебной практики следует, что применительно к пункту 5 статьи 173 НК РФ, предусматривающему обязанность налогоплательщиков исчислить и уплатить в бюджет сумму налога в случае выставления ими счета-фактуры с выделением суммы НДС при реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению, юридическим фактом, с которым связывается обязанность продавца уплатить налог и право покупателя на принятие данного налога к вычету, является факт выставления надлежаще оформленного счета-фактуры, а не характер спорной операции.

Обращено внимание на то, что формальный подход, связанный с отказом в применении вычетов по НДС по мотиву осуществления операций, освобожденных от налогообложения НДС, недопустим.

В письме ФНС России приведены также рекомендации по проведению налогового контроля в отношении операций, подлежащих налогообложению по ставке 0 процентов при осуществлении услуг по международной перевозке товаров.

Так, в частности, указано, что налоговым органам необходимо выявлять обстоятельства, прямо или косвенно подтверждающие нереальность выполнения работ (услуг) силами спорного контрагента. Посредством анализа налогового и бухгалтерского учета следует устанавливать, в каком объеме контрагентом исчислен и уплачен НДС в бюджет со спорных операций с налогоплательщиком. Необходимо также устанавливать лицо, являющееся декларантом при экспорте груза.

ФНС России напоминает также, что статья 164 НК РФ дополнена пунктом 7, согласно которому при реализации товаров, вывезенных в таможенной процедуре экспорта, и (или) выполнении работ (оказании услуг), предусмотренных подпунктами 2.1 - 2.5, 2.7 и 2.8 пункта 1 статьи 164 НК РФ, налогоплательщик вправе выбрать, по какой налоговой ставке производить налогообложение соответствующих операций.

Письмо ФНС России от 14.06.2018 N СА-4-7/11482 "О направлении рекомендаций по вопросу применения вычетов по налогу на добавленную стоимость с учетом судебной практики"