Полагаю, в своем вопросе Вы имеете в виду Налог на доходы физических лиц, полученных от предпринимательской деятельности, и сумму, оставшуюся после уплаты налога. Для расчета НДФЛ индивидуальные предприниматели руководствуются ст. 227 НК РФ.

Можно рассмотреть задачу на примере. Однако Вам стоит задуматься при такой схеме работы, насколько для Вас выгодна та налоговая схема, которую Вы применяете. Может, имеет смысл перейти на освобождение от НДС или УСН?

Задача. Доход от реализации составил 118.000 рублей, при этом НДС в указанной сумме составил 18.000 рублей. Себестоимость сложилась из 2-х операций. Например, первые расчеты составили консультационные расходы, в размере 20.000 рублей, в т.ч. НДС 3.050 рублей. Вторая сумма в размере 40.000 рублей состояла из подрядных работ, не облагаемых НДС в связи с применением исполнителем УСН.

Ваши налоги:

1. НДС = 18.000 (с дохода) - 3.050 (с консультационных расходов) = 14.950 рублей.
2. НДФЛ:
   • Профессиональные налоговые вычеты для расчета НДФЛ = 100.000 (доход 118.000 рублей за минусом НДС 18.000 рублей) - 16.950 (себестоимость консультационных расходов 20.000 за минусом НДС 3.050) - 40.000 (себестоимость подрядных работ, без НДС) = 43.050 рублей.
   • НДФЛ = 43.050 рублей * 13% (ставка) - 5.597 рублей.
3. Всего налоги к оплате: 14.950 + 5.597 = 20.547 рублей