ФНС России сообщает, что НК РФ не содержит норм, предоставляющих налоговым агентам, имеющим обособленные подразделения, самостоятельно выбирать обособленное подразделение, через которое производилось бы перечисление налога и, соответственно, представление данного расчета.

Разъясняется также, что организации - крупнейшие налогоплательщики, представляют расчет, в том числе в отношении работников обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика либо в налоговый орган по месту учета такого налогоплательщика по соответствующему обособленному подразделению (отдельно по каждому обособленному подразделению).

При заполнении расчета за соответствующий отчетный период в разделе 2 по строкам 100 - 140 отражаются только те операции, которые произведены именно в этом отчетном периоде. Операции за предыдущие отчетные периоды в данном разделе не отражаются.

Письмо ФНС России от 28.12.2015 N БС-4-11/23129@