По мнению ФНС России (с учетом внесения изменений Федеральным законом от 29.09.2019 N 325-ФЗ в пункт 5 статьи 208 и пункт 9 статьи 226 НК РФ), суммы НДФЛ, уплаченные налоговым агентом за счет собственных средств, при доначислении (взыскании) налоговым органом таких сумм по итогам налоговой проверки:

не признаются доходами физического лица;

не подлежат отражению в сведениях по форме N 2-НДФЛ, а также в расчете по форме N 6-НДФЛ;

отсутствуют основания для дальнейшего удержания налоговым агентом сумм НДФЛ с доходов работника, с которым трудовые отношения не прекращены.

Письмо ФНС России от 10.01.2020 N БС-4-11/85@