Организация, которая имеет два КПП – по месту нахождения и в качестве крупнейшего налогоплательщика – в счете-фактуре указывает КПП, присвоенный ей как крупнейшему налогоплательщику. Об этом Минфин России напоминает в одном из своих недавних письмах (письмо от 20 августа 2015 г. № 03-07-09/49236). Чиновники ставят в пример порядок заполнения декларации по НДС крупнейшими налогоплательщиками. Такие компании представляют декларацию в налоговую по месту постановки на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика и указывают КПП, присвоенный этой инспекцией.