В отличие от организации, которая вправе в установленном порядке уполномочить иное лицо подписывать счет-фактуру за руководителя и главного бухгалтера, индивидуальному предпринимателю положениями статьи 169 Кодекса право подписания счета-фактуры его уполномоченному представителю не предоставлено.

Таким образом, учитывая законодательное требование о проставлении в счете-фактуре личной подписи индивидуального предпринимателя, а также указании в счете-фактуре его реквизитов (даты и номера) свидетельства о государственной регистрации, индивидуальный предприниматель не вправе возложить обязанность подписания счетов-фактур на уполномоченных им лиц.

Письмо ФНС РФ от 09.07.2009 N ШС-22-3/553@ "По вопросу возможности подписания счетов-фактур уполномоченным представителем индивидуального предпринимателя"