Все просто, когда транспортная компания получает оплату за свои услуги непосредственно от покупателя. Если есть счет-фактура, услуги отражены в учете и нужны для деятельности, с которой платят НДС, вычет возможен.

Но бывает так, что доставку оплачивает продавец. А покупатель впоследствии возмещает ему эти расходы. Можно ли принять к вычету НДС в данной ситуации? Не всегда. Вычет возможен, только если между продавцом и покупателем заключен посреднический договор на приобртение услуг. Тогда продавец в роли комиссионера или агента перевыставит покупателю счет-факутур на услуги, указав там в строке 2 транспортную компанию. На основании этого документа покупатель примет налог к вычету.

Если же посреднический договор не заключен, вычет у покупателя не возможен. Ибо отражать стоимость доставки в счете-фактуре на товар продавец не вправе. А вычет по счету-фактуре транспортной компании не возможен, так как там покупатель вообще не упоминается. Такие разъяснения привел Минфин России в письме от 15.08.2012 № 03-07-11/299.