Если компании заключили соглашение, что будут обмениваться электронными счетами-фактурами, то выставлять эти документы на бумаге им ничто не мешает (письмо Минфина от 12.09.2013 г. № 03-07-09/37682).

Финансисты напомнили, что согласно п. 4 разд. II Прил. № 3 (утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 г. № 1137), продавец вправе составить бумажный счет-фактуру, если электронный аналог покупатель от него не получил.