На основании пункта 2 статьи 173 НК РФ налогоплательщик имеет право уменьшить общую сумму НДС на установленные налоговые вычеты в случае, когда налоговая декларация с заявленной суммой налога к возмещению подана в пределах трех лет после окончания налогового периода.

Сообщается, что в случае, если в уточненной налоговой декларации, представленной за пределами трехлетнего срока, отражены налоговые вычеты в сумме, заявленной ранее (то есть размер налогового вычета не изменился), то в целях применения указанной выше нормы НК РФ считается, что налогоплательщиком соблюден срок заявления сумм НДС к возмещению.

Данный вывод подтверждается сложившейся арбитражной практикой (постановление Федерального арбитражного суда Дальневосточного округа от 24.08.2012 по делу А51-20223/2011, постановление Федерального арбитражного суда Московского округа от 29.03.2011 по делу А40-75075/10-142-390).

Письмо ФНС России от 20.03.2013 N АС-4-3/4811