Налог с зарплаты за март, выданной в апреле, надо показать только в строке 040 расчета за I квартал. Об этом ФНС напомнила в письме от 16 мая 2016 г. № БС-4-11/8609

НДФЛ с мартовской зарплаты компания удержит в апреле, в момент выдачи. Показывать налог как удержанный в строке 070 или как неудержанный в строке 080 расчета за I квартал не нужно.

Разъяснение ФНС применяйте и при подготовке расчета за другие периоды. Например, за полугодие (если зарплату за июнь компания выдаст в июле).

Сейчас инспекторы камералят 6-НДФЛ за I квартал.