В справках показывайте только не удержанный НДФЛ и ставьте признак 2. Так часто бывает с уволенными сотрудниками, которым пересчитали НДФЛ или списали долг.

Справку с признаком 2 сдайте в налоговую и передайте должнику. После этого удерживать недостающий НДФЛ не нужно. Даже если такая возможность появится. Инспекторы отправят физлицу уведомление, на основании которого он доплатит налог сам до 1 декабря (п. 6 ст. 228 НК РФ).