Пока товар находится в пути, заявлять вычет опасно.

Допустим, поставщик выписал счет-фактуру в день отгрузки. Скажем, 29 марта. А товар пришел на склад 5 апреля. То есть в другом налоговом периоде по НДС. Когда принять к вычету «входной» налог? Безопаснее в том периоде, когда товары оприходованы на склад. Даже если счет-фактуру вы получили в предыдущем квартале. Именно такой позиции придерживаются в Минфине России (см. письмо от 26 сентября 2008 г. № 03-07-11/318). Более того, счет-фактуру в этом случае лучше зарегистрировать тоже в день прихода товаров. Так вы не запутаетесь при расчете вычета.

Подробнее про ситуацию, когда товары находятся в впути, читайте в журнале "Главбух" № 10, 2012.