Предположим, компания является белорусской.

Порядок взаимодействия между российскими и белорусскими компаниями в части взимания НДС регламентирован Протоколом от 11.12.2009 "О порядке взимания косвенных налогов при выполнении работ, оказании услуг в таможенном союзе". Согласно ст. 2 указанного Порядка взимание косвенных налогов при оказании услуг осуществляется в государстве - члене таможенного союза, территория которого признается местом реализации услуг.

В связи с этим ставки косвенных налогов определяются в соответствии с законодательством государства - члена таможенного союза, территория которого признается местом реализации услуг.

На основании пп. 5 п. 1 ст. 3 указанного выше Протокола местом реализации работ, услуг признается территория государства - члена таможенного союза, если услуги оказываются налогоплательщиком (плательщиком) этого государства.

Таким образом, в данном случае местом оказания услуг по перевозке территория РФ не признается и, следовательно, положения гл. 21 НК РФ (т.е. российского законодательства) не применяются. Указанная операция будет облагаться косвенными налогами в соответствии с законодательством Республики Беларусь.

Исходя из вышеизложенного, случай невыделения в счете-фактуре суммы НДС может быть обусловлено исключительно нормами законодательства государства, резидентом которой являтся контрагент.