При этом под международными перевозками товаров понимаются перевозки товаров морскими, речными судами, судами смешанного (река - море) плавания, воздушными судами, железнодорожным транспортом и автотранспортными средствами, при которых пункт отправления или пункт назначения товаров расположен за пределами территории Российской Федерации.

Таким образом, счета-фактуры от Вашего поставщика должны быть составлены с учетом нулевой ставки НДС.