Лицо, применяющее УСН, не является плательщиком НДС, но при этом уплачивает налог в соответствии с данной системой налогообложения.

Цена контракта в зависимости от применяемой победителем системы налогообложения не корректируется, в связи с чем контракт заключается по цене, предложенной победителем.

Поскольку победителем закупки может быть лицо, которое не является плательщиком НДС и применяет УСН, заказчику в проекте контракта необходимо установить вариативное условие о цене контракта "включая НДС/НДС не облагается" (указанное вариативное условие используется в типовых контрактах, утвержденных в том числе приказом Минпромторга России от 12.03.2018 N 716).

В письме ФНС России от 08.11.2016 N СД-4-3/21119@ пояснено, что в случае, если в госконтракте стоимость указана "включая НДС" и при оплате этих товаров (работ, услуг) заказчиком в платежном поручении выделена сумма НДС, при невыставлении счета-фактуры у продавца, применяющего УСН, обязанность уплатить НДС в бюджет не возникает.

Однако, зачастую на стадии исполнения контракта заказчики отказываются подписывать акт сдачи-приемки товара, если не выставлен счет-фактура с НДС, ссылаясь на условие контракта, что цена включает НДС.

ФАС России обращает внимание на то, что в этом случае исполнители, применяющие УСН, вынуждены выставлять счет-фактуру и уплачивать НДС, что фактически приводит к двойному налогообложению и ущемлению прав таких лиц.

Учитывая изложенное, при направлении победителем закупки, применяющим УСН, протокола разногласий по вопросу исключения из проекта контракта условия о включении НДС в цену контракта с приложением документов, подтверждающих факт применения таким участником закупки УСН, заказчику необходимо исключить указанное условие и внести изменения в проект контракта в части дополнения условием "НДС не облагается" с указанием основания.

Письмо ФАС России от 18.06.2019 N ИА/50880/19 "О разъяснении положений Федерального закона от 05.04.2013 N 44-ФЗ "О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд" в части заключения государственного контракта с победителем закупки, применяющим упрощенную систему налогообложения"